Богоборцы 2 авторства Алексея Широкова и Александра Шапочкина представляет сюжет, в центре которого находится главный герой, столкнувшийся с необычной и напряжённой ситуацией. Исходно персонаж ведёт обычную жизнь, стараясь избегать суеты города и находя время для спокойствия на природе. Его повседневность меняется, когда на мосту он встречает маленькую девочку, которая просит помочь ей добраться домой. Разговор и последующее событие с девочкой неожиданно оборачиваются нападением странного существа, угрожающего герою. Это неожиданное столкновение запускает цепь событий, связанный с расследованиями и контактами с полицией, где герой вынужден давать показания и сотрудничать с участковыми. События развиваются на фоне внутренних противоречий в правоохранительной системе, где существуют фракции с разными отношениями к одарённым людям и богоборцам, что осложняет работу главного героя. Появляются сложности в общении с коллегами и подозрение о влиянии начальства на ход расследования.

Герою приходится самостоятельно разбираться с угрозой, которую представляют мистические существа и связанные с ними люди, включая колдунов. В процессе он обращается за помощью к опытным кураторам, но понимает, что в текущих условиях полагается в большей мере на собственные силы и знания. Его пути пересекаются с опасными фигурами и внутренними конфликтами системы, что требует от него готовности к работе без выходных и умения быстро принимать решения. Кульминационным становится осознание необходимости самостоятельного расследования, а также необходимость сохранять связь с правоохранительными структурами для получения поддержки и информации. Поддерживая контакт с участковым и сталкиваясь с разными аспектами своей миссии, герой переосмысливает своё положение и принимает вызов, связанный с борьбой против нечисти и внутренними противоречиями в окружении. Таким образом, сюжет концентрируется на реакции главного персонажа на внезапно возникшую угрозу, его взаимодействии с полицией и мистическими элементами, а также на необходимости самостоятельного и осознанного действия в условиях ограниченной поддержки.