Книга Чума Эпсилона автора Сергея Мусанифа рассказывает о главном герое, сталкивающемся с опасной ситуацией в космическом пространстве, на пересадочной станции и в различных городах внутри системы. Исходно герой оказывается втянутым в конфликт с могущественной корпорацией и её агентами, а также с другими группировками, включая Трёхглазого Джо и его команду. Сюжет начинает развиваться после того, как главный герой оказывается под наблюдением и вынужден скрываться, собирать информацию и принимать решения по перемещению и планированию отступления с помощью доступных ресурсов, таких как нейромозг и захваченный грузовой корабль. В ходе событий герой сталкивается с необходимостью хранить осторожность, чтобы не привлечь лишнего внимания, поскольку любое лишнее насилие или жертвы гражданских могут вызвать усиленное преследование.

Основная проблема заключается в сложной политико-криминальной обстановке, где непростые отношения между различными группами ведут к напряжённости, предательствам и необходимости длительной выжидательной тактики. Герою приходится балансировать между выполнением задач и сохранением собственной жизни, используя свои навыки и доступные технологии, в том числе взлом и управление чужими системами. В конце повествования сюжетный фокус смещается на принятие главного героя в новую роль наставника, призванного обучать новое поколение и передавать накопленный опыт, что накладывает на него ответственность и новые вызовы, несмотря на изначальный отказ верить в идеи прежней команды и сомнения в свободе выбора. Таким образом, сюжет строится вокруг внутреннего и внешнего противостояния, выбора между личными убеждениями и обязанностями, а также борьбы за выживание и контроль в непростой социальной и технической среде Содружества.