Основное напряжение сюжета строится вокруг необходимости освоиться в враждебном окружении и раскрыть тайны пришельцев, их технологий и добычи ресурса «Квантаниум», который поддерживает работу портала. Герои исследуют шахты, конструкции и обломки, пытаясь понять, как функционирует вражеское оборудование и как его можно использовать для спасения. При этом между участниками происходят обсуждения о том, какой маршрут выбрать и как избежать смертельных опасностей. В процессе борьбы с автоматическими системами и механическими существами они встречают союзников и врагов, которые влияют на развитие ситуации.

Сюжет подчеркивает решение героев действовать, несмотря на недостаток информации и постоянные угрозы. Они пытаются выстроить защиту, восстанавливать связь и находить путь к миру, в котором смогут выжить. Постепенно выясняется, что крупные боевые машины и дроны, названные доминаторами, играют ключевую роль в схватке между людьми и пришельцами. Главные герои принимают решения, которые определяют дальнейшее развитие конфликта, сталкиваясь с выбором между постоянным бегством и активным сопротивлением.

Конечной точкой развития сюжета становится понимание, что существующая ситуация требует не только физического выживания, но и поиска новых ресурсов и технологий, чтобы удержать контроль над своей судьбой. Герои сосредоточены на том, чтобы использовать знания о пришельцах и их оборудовании для защиты и восстановления порядка. «Армада 2 – Эволюция» фокусируется на внутренней борьбе и внешних вызовах, с которыми сталкивается человек в экстремальных обстоятельствах.