«Цербер. Вечная охота» повествует о главном герое по имени Цербер, который находится в специфическом мире, где ведется ожесточённая охота на него. С момента начала преследования он задержался в своём поселении, стараясь укрепить его и обеспечить безопасность жителей. Его поселение, под названием Громыхающий, развивается и привлекает новых обитателей, но угрозы со стороны охотников не прекращаются. Главный герой прилагает усилия, чтобы подготовить оборону и повысить уровень поселения, в то время как новые условия охоты вынуждают его выходить из укрытия регулярно.

Ситуация осложняется появлением врага по имени Джейкоб, который хорошо подготовлен и применяет против Цербера особые технологии для ограничения его сил и подавления воли. Джейкоб использует устройство, способное парализовать героя и контролировать его действия с помощью пульта управления. Это событие ставит под угрозу не только жизнь Цербера, но и дальнейшее существование поселения. В ответ на давление со стороны врага, герой пытается найти союзников и помощь, продолжая вести переговоры с другими существами и группировками....