Дельта. Том II: Меняющий будущее Бориса Романовского сосредоточен на главном герое Владиславе Ли, который сталкивается с последствиями трагических событий в своей семье и стремится разобраться с новыми вызовами в мире, где существуют особые способности и тайны. Исходная ситуация осложнена смертью его отца и других близких людей, а также отсутствием информации о местонахождении детей, которые пропали при тех же обстоятельствах. Главный герой пытается наладить свою жизнь и управление организацией под названием Синдикат, которая объединяет людей с особыми умениями, называемыми Эвольверами. Сюжет начинается с расследования обстоятельств гибели семьи Владислава и его контактов с различными союзниками и противниками. По мере развития событий Владислав занимается расширением и укреплением Синдиката, налаживает сеть информации и пытается защитить близких, в частности девушку по имени Адель и её брата Акселя. Они вместе готовятся к действиям в параллельном пространстве, называемом Изначальным Миром, где происходят исследования и сражения, а также приобретаются новые способности.

Владислав ведёт переговоры с членами своей организации, планирует крупные рейды и отвечает за безопасность. Постепенно раскрываются внутренние конфликты между разными группами и вопросы доверия, которые связаны с использованием базы данных и доступом к секретной информации. Герою приходится принимать решения, связанные с рисками ради спасения близких и расширения влияния Синдиката. Одной из наиболее значимых проблем является необходимость перебраться на опасные территории, чтобы спасти сестру Сюли, важного персонажа, чьи мотивы и тайны влияют на ход событий. Владислав решает взять эту задачу на себя, несмотря на угрозы и сложные взаимоотношения. В финале сюжет сосредотачивается на том, как главный герой выстраивает отношения с командой, укрепляет организацию и продолжает противостоять внешним и внутренним вызовам, стараясь обеспечить будущее для себя и тех, кто ему дорог. В центре истории остаётся борьба за контроль над знаниями, поддержание порядка в мире особых способностей и сохранение близких.