Ликвидатор на службе Империи. Том 2 автора А. Никл повествует о группе молодых сотрудников Империи, среди которых центральное место занимает главный герой и девушка по имени Милана. На момент начала сюжета они пребывают в академии, где проходят обучение и получают задания. Их повседневная жизнь осложняется внутренними противоречиями и постоянным ощущением опасности со стороны враждебных сил. Развитие сюжета начинается с предупреждения библиотекаря Сергей Петровича о надвигающейся угрозе: планируется покушение на Императора, которое может привести к перевороту и краху целого мира. Сергей Петрович сообщает, что никакая помощь извне не предусмотрена, и именно главные герои должны предотвратить этот кризис. После этого они получают список целей и подробные инструкции по ликвидации ключевых врагов, что ставит их перед серьёзной ответственностью и необходимостью действовать скрытно, учитывая наличие многочисленных шпионов в их окружении.

В ходе дальнейших событий герои сталкиваются с заданиями по нейтрализации врагов, при этом испытывая давление как со стороны кураторов, так и собственных страхов и гнева. Главный герой проявляет решимость, признавая, что его сила, возможно, усиливается за счёт убитых иномирцев, что усложняет моральный выбор. Милана, несмотря на скептицизм и сдержанность, соглашается помогать и подчиняться приказам, признавая высокую ставку происходящего. Помимо внешних угроз, присутствуют внутренние напряжённости — подозрения в предательстве и необходимость скрывать важную информацию даже от тех, кому доверяют. Героям приходится принимать решения, связанные с тайной операцией вне стен университета, где они должны действовать по разным планам и в разное время, сохраняя абсолютную секретность. Особое внимание уделяется подготовке к заданию и противодействию врагам, среди которых имеются скрытые шпионы. Книга заканчивается на том, что герои оправляются выполнять ответственное и опасное миссию, от которой зависит сохранение существующего порядка и предотвращение переворота.