Нах. Часть 2 Николая Геннадьевича Грошева рассказывает о Велесе, сталкере, который живёт в постапокалиптической Зоне, наполненной аномалиями и мутантами. Исходно Велес оказывается в Зоне, где прошло много лет после глобальных катастроф, изменивших мир. Он сталкивается с необычными ситуациями, связанными с аномалиями, которые трудно понять и преодолеть. Сюжет начинается с того, что Велес находит себя в заброшенном городе, наполненном руинами и признаками заброшенности, где пахнет по-другому, и он носит чужую одежду, что ставит под сомнение его собственный статус и окружение. Развитие сюжета запускается осознанием, что близкие для него люди мертвы и он вынужден адаптироваться к новым условиям.

Велес сталкивается с различными аномалиями разного типа, которые воздействуют на его восприятие и тело, некоторые из них приводит к получению опасной информации напрямую в мозг с риском для здоровья. В процессе он обнаруживает, что Зона постоянно меняется, эволюционирует и становится всё более опасной. Среди главных угроз являются мутанты, аномалии и сам характер изменённого мира, где невозможно полноценно опереться на прошлый опыт. Велес вынужден принимать решения, связанные с выживанием, исследованием аномалий и взаимодействием с непредсказуемыми силами. Он постепенно осознаёт невозможность возвращения к прежней жизни и необходимость адаптации к новому статусу в изменённой Зоне. Конечный акцент сюжета сосредоточен на принятии факта смерти близких и приспособлении к выживанию в опасной и сложной среде, где Зона стала более враждебной и необъяснимой.