Низвергнутый 2: кланы высшей школы Михаила Беляева продолжает историю главного героя Ямада Рэйджи и его одноклассников из класса 1-С в школе Махо-Кай. В начале повествования Ямада и его класс оказываются в сложной ситуации, связанной с проведением тренировок и участием в турнире между тремя школами. Класс 1-С получил жесткое расписание тренировок по решению Студсовета, при этом главному герою приходится не только отстаивать своего класса, но и взаимодействовать с разными фигурами школы, в том числе с учителями и комитетами. Важным событием становится приглашение Ямаде на переговоры о перемирии между школами во время турнира. Это перемирие необходимо, чтобы временно прекратить конфликты между учащимися, и Ямада назначен представителем своего класса на встречу. Внутренние конфликты класса и противостояние с другими учениками, особенно с теми, кто пытается повлиять на ход отбора и результаты тренировок, создают дополнительное напряжение.

Ямада старается объединить учеников и найти союзников среди первых курсов других классов, чтобы провести отбор честно и сохранить дух команды. Кроме того, его личная ситуация осложняется враждой с некоторыми учащимися и различными внешними угрозами, включая попытки подстав и опасности, связанные с его прошлым. Он сталкивается с необходимостью быть осторожным и действовать продуманно, чтобы защитить себя и свой класс. В ходе событий Ямада приходится выполнять поручения, связанные с контролем за подготовкой одноклассников, и искать информацию о последних событиях через контакты в Дисциплинарном Комитете, что помогает ему понять истинные масштабы происходящего. Финальный акцент сюжета сосредоточен на готовности главного героя принять участие в важных переговорах, которые могут повлиять не только на ход турнира, но и на дальнейшее положение его класса в школе, а также на сохранение перемирия между кланами и предотвращение эскалации конфликтов.