Опричник. Канцелярия Государственной Безопасности, авторы Станислав Кемпф, Дмитрий Буров, рассказывает о действиях специального подразделения в рамках охраны правопорядка Русского царства. Главными героями выступают сотрудники особого отдела под командованием князя Вяземского, которые занимаются борьбой с преступностью и обеспечением безопасности в государстве. В начале повествования их внимание привлекает сообщение о похищении дочери князя Зверева, что становится отправной точкой для развития сюжета. Сотрудники отдела получают приказ проникнуть в ботанический сад, где содержат княжну, и предотвратить её тайную перевозку неизвестными лицами. Во время операции выясняется, что вызов к зачистке был устроен намеренно, чтобы направить именно это подразделение на выполнение задания, что вызывает подозрения о скрытых мотивах и внутренней борьбе. Героям приходится работать под прикрытием, применяя специальные методики и оборудование, чтобы справиться с угрозой и сохранить девочку в безопасности.

Параллельно развивается сюжет о конфликте между разными структурами охраны, включая гвардию князя и спецподразделение опричников, что создаёт дополнительное напряжение. Одновременно с операцией раскрываются подробности о прошлом участников, их сложных отношениях и причинах, почему именно они привлечены к этим событиям. В ходе повествования возникают вопросы о лояльности, предательстве и тяжести выбора между долгом и личными мотивами. Главные герои сталкиваются с необходимостью принимать жёсткие решения, чтобы выполнить свой долг без потерь, при этом сражаясь с внешними врагами и внутренними сомнениями. Развитие событий приводит к тому, что главные участники оказываются в ситуации, требующей максимальной мобилизации и единства, чтобы защитить государство и своих близких. Сюжет завершается акцентом на продолжении борьбы и подготовке к новым испытаниям, подчеркивая неизбежность дальнейших конфликтов и необходимость охраны порядка ценой личных жертв.