Кроме внешних угроз главному герою приходится сталкиваться и с внутренними проблемами: отношения с коллегами, особенно с девушками из команды, дают повод для напряжения и эмоциональных сложностей. Среди них — Катя и Милослава, которые задействованы в процессе оформления документов и помогают Ярославу адаптироваться в новой роли. За этим следует развитие конфликта с Ротановыми, что обещает осложнения и необходимость решительных действий.

Также в романе рассматриваются вопросы доверия, взаимодействия с окружающими и управление ресурсами в условиях опасности. Ярослав осознаёт ответственность за собственную жизнь и жизни товарищей, выбирает между риском и осторожностью, стремится понять потенциал и ограничения своей силы и питомца. Основной конфликт строится вокруг борьбы с монстрами на Изнанке и попыток сохранить себя и команду в этом жестоком мире. Герой вынужден принимать решения, связанные с взаимодействием как с внешними, так и с внутренними противниками, что формирует основу дальнейших событий и выбора.

Таким образом, сюжет Пипец Котенку! 2 разворачивается вокруг взросления и становления Ярослава Котова в новой для него роли охотника, его ознакамливания с опасным и неизведанным миром, а также преодоления вызовов, которые связаны как с суровыми условиями Изнанки, так и с человеческими отношениями. В центре повествования — его подготовка, первые походы на охоту, развитие навыков и столкновение с угрозами, что задаёт направление развития истории и определяет динамику конфликта.