Конфликт развивается через попытки сохранить контроль над ключевыми объектами и предотвратить разрушение инфраструктуры. Военные и главные герои оказываются вынуждены принимать трудные решения в условиях ограниченных ресурсов и большой опасности. Некоторые отряды ведут прямые боевые столкновения с врагом, пытаясь сдержать его наступление, в то время как другие занимаются изучением новых образцов технологии и особенностей противников. Опасения вызывают как сами пришельцы, так и возможность того, что другие страны, столкнувшись с подобным вторжением, получат доступ к системе, которая меняет боевые возможности участников конфликта.

Основная линия рассказывает о попытках справиться с новой угрозой через совместные усилия военных и специальных подразделений, в числе которых есть и те, кто обладает особыми умениями. Столкновения с противником происходят на различных локациях, в том числе в разрушенных поселениях и окрестностях военных баз. Сложности добавляет необходимость сохранять корабли пришельцев для изучения и не допускать массового уничтожения местных населений, что вызывает дополнительное напряжение между тактическими задачами и гуманитарными соображениями. В финале подчёркивается напряжённость вокруг решения, каким образом действовать дальше, учитывая новые данные о технологиях противника и возникающих в связи с этим рисках.

Последняя эволюция. Том III сосредоточена на противостоянии между силами, пытающимися защитить свои миры и пониманием глубокой угрозы, которую представляют неизвестные технологии и способности пришельцев. Развитие сюжета контролируется необходимостью выживания и изучения врага, что заставляет героев комбинировать боевые действия с разведкой и анализом. Пограничные ситуации между различными планетами и группами усилий создают комплексный конфликт, где каждый выбор может изменить исход борьбы.