Прототип 2.0 | Часть III автора Александра Диденко сосредоточен на событиях вокруг специалиста Ито, который работает над исследованием уникального вещества и возможностей проекта под названием «Прототип 2.0». Ито переезжает в секретную лабораторию, где вынужден справляться с отсутствием привычных условий и технического комфорта, чтобы заниматься расчетами и теоретическими разработками. Он сталкивается с необходимостью хранить важные данные и материалы в строгой тайне, согласовывая свои действия с руководством. Главная задача — найти способ контролировать силу «два-ноль» без побочных эффектов, что представляет значительную научную и этическую проблему. В то же время развивается сюжет, связанный с командой, включая Михо и Вильяма Аткинсона, которые находятся на опасных операциях по поиску и спасению главного объекта проекта — Сато Юки, чей нестабильный статус вызывает тревогу.

Конфликт возникает вокруг баланса между необходимостью открытого обмена информацией в рамках Ассоциации и личным желанием сохранить уникальные результаты исследования в секрете. Кроме того, Ито и его команда сталкиваются с ограничениями в ресурсах для экспериментов, что требует выработки оптимальных решений в работе с имеющимися образцами. Важное место уделено развитию взаимоотношений между персонажами, включая экспертов разного профиля, что влияет на ход событий и принятие решений. По мере продвижения сюжета главные участники сталкиваются с внутренними и внешними препятствиями, связанными с требованиями Ассоциации, технологическими сложностями и психологическим давлением. В конце внимание концентрируется на необходимости решения проблем контроля над «Прототипом 2.0» и обеспечения безопасности экспериментов, что становится ключевым фокусом развития событий.