Ключевым конфликтом выступает противостояние между населёнными пунктами, заражёнными, лесами, обречёнными на поглощение заражением, и попытками людей сохранить остатки цивилизации. Действия героев строятся вокруг поиска ресурсов, обеспечения безопасности и предотвращения дальнейшего распространения вируса Стикс. В этом мире важна осторожность и бесшумность, любая ошибка может стать роковой. Герои сталкиваются с силой невидимого врага, которая проявляется в изменчивости заражённых и новых разновидностях угроз, включая инопланетных тварей, занесённых вирусом на другие планеты и принесённых обратно.

Сложности усугубляются внутренними противоречиями между обитателями разных укрытий, необходимостью долговых взаиморасчётов и организацией вылазок, в ходе которых приходится выбирать между рискованными действиями и сдержанностью. По мере развития сюжета Лис проходит этапы подготовки, столкновений, получения новых знаний и опыта, что позволяет ему адаптироваться и принимать сложные решения в условиях ограниченных ресурсов и постоянной опасности. Сюжетный фокус смещается на необходимость выживания и сохранения человеческого в условиях, где окружающий мир становится всё более враждебным и непредсказуемым.