Развитие сюжета начинается с вылазок героя на разведку, чтобы найти метки, оставленные прежним знахарём Наро, и понять маршруты движения опасности. Герой соглашается на ночную смену у лагеря, где фиксирует символ, связанный с прошлыми событиями, и размышляет о природе угрозы. Постоянные опасения связаны с тем, что деревня ещё не осознаёт сжимание кольца угрозы вокруг неё. Время от времени происходят проверки состояния грибов, мяса и воды, требующие медицинских знаний и наблюдений, которые герой пытается развивать, используя подручные средства.

Основные проблемы связаны с быстрым распространением заразных болезней, паразитов и новых мутировавших тварей, которые даже опытные охотники не видели ранее. Герой и его товарищи сталкиваются с необходимостью принимать решения о безопасности пищевых запасов, контроле над водой и предупреждении заражения новых участков. Ещё одна важная задача — поддерживать боеспособность и здоровье членов деревни, поскольку на кону стоит их выживание.

Главный герой вынужден принимать решения, которые затрагивают как личную безопасность, так и судьбу общины. Ему приходится идти на риски, выходить за пределы безопасной территории и вести наблюдения, чтобы добыть знания и найти средство борьбы с угрозами. Разведка, сбор информации, использование меток старика Наро помогают ему понять, что дальнейшие действия должны быть осторожными и продуманными, чтобы не навредить остальным. Герой приходит к выводу, что угрозы выходят за рамки привычного мира и требуют новых методов реагирования.

Сюжетный фокус в конечном итоге сосредоточен на том, что герой остаётся уязвимым, но постепенно приобретает необходимые умения и понимание ситуации. Он принимает роль исследователя и защитника, держит под контролем наблюдение за изменяющимся миром вокруг, готовится к дальнейшим вызовам и осознаёт глубину и масштаб новой опасности. «Знахарь III» раскрывает ситуацию, в которой выживание зависит от знания, готовности и способности действовать вперёд, несмотря на страх и неопределённость.