Основной конфликт развивается вокруг борьбы за место семьи Авериных в лекарском деле. Николай стремится не только помочь отдельным пациентам, но и восстановить престиж и доходы семейного магазина, постепенно превращая его в мини-клинику. Это связано с решением расширять навыки и услуги, чтобы ответить на новые вызовы и конкурентное давление. Его идея заключается в том, чтобы предлагать консультации вместе с лекарствами, что должно привлечь больше клиентов через сарафанное радио.

В ходе сюжета Николай сталкивается с необходимостью адаптироваться к новым условиям и расширять свои умения. Он применяет не только традиционные алхимические снадобья, как отвар женьшеня и сок шпината, но и развивает лекарскую магию, которая требует значительных ресурсов и опыта. При этом перед ним стоит важный выбор между следованием установленным нормам и собственными методами лечения, особенно в критических ситуациях, где от его решений зависит жизнь пациентов.

Кульминацией развития становится момент, когда Николай обнаруживает свои способности к хирургии, что расширяет его возможности лечить гораздо серьезные травмы. Это меняет его взгляд на профессию и помогает укрепить уверенность в собственных силах. В финальной части повествования он направляется поддержать друга на дуэли, что подчеркивает не только профессиональные, но и личные испытания, с которыми ему приходится справляться.

Таким образом, сюжет книги сосредоточен на становлении молодого лекаря в сложных условиях, его борьбе за выживание и развитие семейного дела, а также на применении практических и магических навыков в профессии. Главный герой вынужден принимать серьезные решения и отвечать за жизни людей, что формирует основу повествования «Лекаря Его Величества».