Конфликты и угрозы в книге связаны с неизвестными местными силами, включая магические существа и демонов, а также с внутренними сложностями управления гарнизоном и поселком. Герой делает выбор в пользу активного вмешательства для улучшения положения, но при этом встречает сопротивление и опасности, связанные с магическими существами, попытками убийств и политическими интригами. Он пытается удержать порядок, контролировать запасы, обезопасить гарнизон и одновременно адаптироваться к новым условиям.

В центре сюжета находится борьба главного героя за здоровье и безопасность людей, за порядок в условиях чуждого мира, где магия и новые технологии совмещаются с опасностями и недоверием. К концу книги герой начинает привыкать к жизни в новом мире, достигает определенного положения среди местных, но сталкивается с нарастающими вызовами и угрозами, требующими от него решительных действий.

Таким образом, сюжет «Медицина катастроф в ином мире» Павла Чагина сосредоточен на адаптации и применении медицинских знаний в необычной среде, на установлении контроля и борьбе с новыми видами опасностей, а также на попытках сохранить человеческие ценности в условиях перемен и неопределенности.