Основными конфликтами являются борьба за власть и контроль над регионами, сопротивление крестьян феодальному гнёту и жестокости помещиков, а также противостояние с регулярной армией. Герой сталкивается с необходимостью наладить взаимодействие с различными группами, включая староверов и кузнецов, а также организовать эффективную артиллерию и армейскую кухню для обеспечения своих войск. Проблемы с подрывом морального духа, нехваткой людей и ресурсов, а также подозрением со стороны правительственных сил создают значительные трудности.

В дальнейших событиях главный герой руководит военным советом, распределяет силы и ресурсы, решает вопросы обмундирования и обозначения своих бойцов. Конфликт с окружённым Оренбургом становится ключевым моментом в развитии событий, ведётся осада, которая длится несколько месяцев. Несмотря на усилия восставших, город удерживается правительственными войсками, и начавшееся восстание постепенно теряет инициативу. Герой и его сторонники продолжают попытки добиться успеха, но обстоятельства складываются против них. Сюжет концентрируется на том, как восставшие накапливают силы, организуют лагерь, проводят военные манёвры и пытаются удержать позиции в сложной ситуации.

Русский бунт. Начало показывает процесс становления восстания и операции его главных участников в условиях политической напряжённости и военных действий. Главный герой одновременно справляется с военными задачами и внутренними организационными вопросами, которые определяют развитие конфликта и судьбу восстания. Описание заканчивается на стадии подготовки и начала ключевых сражений, когда дальнейшая судьба движения ещё не определена однозначно.