Сказъ про царевича Симеона, Бабу Ягу и тайные службы повествует о Семёне Персунове, студенте пятого курса Академии ФСБ, которого неожиданно направляют в секретное подразделение под руководством полковника Басова. Семён оказывается вовлечён в сферу, где сочетаются современная спецслужба и элементы древних мифов и магии. Завязка сюжета связана с его знакомством с Бабой Ягой, таинственной фигурой, сохраняющей связь с волшебным миром, и с раскрытием его необычного статуса — он воспринимается как «царевич», наследник древних царских династий, обладающий скрытыми способностями и ответственностью.

Главный герой сталкивается с задачей изучения магии и освоения своих сил, чему способствуют уроки и испытания под надзором Бабы Яги и её внучки Славяны. Отношения между ними развиваются на фоне постоянного напряжения между привычным миром и магическим. Кроме того, Семён наблюдает внутренние противоречия в спецслужбе: риск быть выставленным на опасность из-за преследования со стороны влиятельных сил и необходимость сохранять тайну о своей сущности. Это создаёт конфликт между желанием действовать открыто и потребностью соблюдать осторожность....