Все дороги ведут в Геную (Плохая война – 3) Алексей Зубков начинается с прибытия главных героев — рыцаря Максимилиана и его оруженосца Фредерика — в средневековый город Геную в период сложной политической и военной ситуации. Они оказываются вовлечены в конфликт, связанный с борьбой за контроль над городом, где различные силы пытаются наладить порядок и удержать власть. Основная сложность заключается в том, что Генуя находится под угрозой войны, финансовые ресурсы ограничены, а ситуация осложняется отсутствием доверия между оккупантами и местным населением. Запуском событий служит необходимое расследование, связанное с ядом и тайнами окружающих персонажей, что выдвигает героев на путь поиска информации через контакты с местными аптекарями, гадалками и алхимиками. В ходе развития сюжета Максимилиан и Фредерик сталкиваются с трудностями, начиная от контактов с загадочными и болезненными личностями до опасений попасть в ловушки и интриги внутри города.

В повествовании присутствует сильный акцент на финансовые и военные проблемы Генуи, где главные действующие лица пытаются использовать тайные проходы и разбираться в сложных торговых операциях, чтобы добиться своей цели. Конфликты, раскрывающиеся по ходу сюжета, связаны с борьбой за власть, угрозами со стороны внешних и внутренних врагов, а также с необходимостью принять сложные решения в условиях ограниченных ресурсов и опасности. Героям приходится объединять усилия, чтобы сохранить город, понять истинные мотивы окружающих и подготовиться к грядущим событиям, характеризующимся затруднениями в управлении и угрозой насилия. Сюжет нацелен на развитие в сторону поиска выхода из кризиса, при этом его финальный акцент сосредоточен на готовности героев встретить военные испытания и сделать выбор, который повлияет на будущее города и самого ордена.