Книга Завгар 2. Конец академии авторства Александра Курзанцева рассказывает о курсанте Иванове, прибывшем для обучения на оператора мобильного доспеха в военном училище. Он сталкивается с жесткими требованиями и дисциплиной, которые поддерживает начальница кафедры, полковница Седова. С первых дней учебы Иванов оказывается в центре внимания и напряженных отношений среди своих товарищей и преподавателей. В процессе обучения герой участвует в тренировках, связанных с управлением тяжелой боевой техникой и мобильно-доспеховыми системами. Одно из ключевых событий — критический инцидент в тестовом стенде, где курсант испытывает сильное физическое и нервное перенапряжение, что приводит к серьезным последствиям и необходимости вмешательства медицинской службы.

В это время в институте развивается и внешняя напряженность, связанная с действиями контрразведки и подозрениями в деятельности группы под названием «Мужской союз». Главная героиня, майор Марина, одновременно является куратором Иванова и проводит с ним личные беседы, обсуждая строгие правила и отношения между преподавателями и курсантами. Взаимоотношения внутри учебного взвода осложняются конфликтами и недопониманием, что влияет на ход занятий и общую атмосферу. Герою приходится справляться с внутренним и внешним давлением, конфликтами с товарищами и руководством, а также принимать решения, направленные на сохранение дисциплины и успешное прохождение обучения. В финальной части сюжета внимание сосредоточено на развитии неожиданной активности «Мужского союза», что вызывает опасения в службах безопасности и усиливает главные конфликты. Таким образом, сюжет разворачивается вокруг обучения и испытаний молодого оператора мобильного доспеха в условиях сложной военной и социальной среды, где сталкиваются личные интересы, служебные обязанности и внешние угрозы.