Основное противоречие складывается вокруг наличия или отсутствия важных документов, которые, возможно, исследовал профессор Себряков и которые могли стать мотивом для преступления. Морохин и Ульянов должны не только найти убийцу, но и добыть эти документы, чтобы предотвратить дальнейшие угрозы. В процессе расследования они сталкиваются с отсутствием ясных улик, ложными следами, упрямством свидетелей и опасностью со стороны преступников, обладающих боевыми навыками и связями. Внутри следственной группы возникают разногласия относительно путей действий и распределения обязанностей.

По мере развития сюжета усиливается напряжение между полицией и военной контрразведкой, а главные герои пытаются сохранить сотрудничество и доверие в условиях давления со стороны тайной организации и общественности. Морохин, обладая опытом и наблюдательностью, постепенно выстраивает план по установлению личности убийцы с помощью проникновения в круг лиц, связанных с целью преступления. Основной акцент делается на поэтапный и методичный подход в раскрытии дела, который включает опросы, наблюдения и установление засад. Кульминацией становится осознание, что расследование выходит за пределы простого уголовного дела и имеет отношение к более масштабным политическим и идеологическим конфликтам.

В финале повествование сфокусировано на решении оперативных задач, связанных с поимкой преступника и раскрытием истины, а также на выстраивании дальнейших шагов для предотвращения новых преступлений. Главные персонажи находятся в состоянии борьбы с невидимым противником, действующим в рамках тайной организации, что требует от них не только профессионализма, но и осторожности. Сюжет завершает переход расследования от хаоса к контролируемому поиску правды, который продолжится и в дальнейшем.