Тропы к смерти Ярослава Кузнецова начинается с описания конфликта между Мариной и её мужем Семёном. После очередной ссоры Марина уезжает на дачу, чтобы побыть одна. Семён спустя несколько дней тоже отправляется туда, надеясь наладить отношения с женой. Однако по прибытии он обнаруживает, что Марина бесследно исчезла. Главный герой оказывается в состоянии беспокойства и неопределённости, пытаясь понять, куда могла деться жена и что стало причиной её исчезновения. Дача, унаследованная Семёном от деда Артура Альбертовича, давно не использовалась по назначению и находится в запущенном состоянии. Там живёт бездомный Василий, за которым семья продолжает ухаживать.

Семён сталкивается с отсутствием помощи от местной милиции, где ему отказывают в серьёзном рассмотрении заявления о пропаже, считая ситуацию временным недоразумением. В поисках Марина герой обращается к соседу по даче по прозвищу Лось, бывшему милиционеру, который ведёт себя неприязненно, но при этом сообщает, что видел женщину несколько дней назад. Основной конфликт разворачивается вокруг тайны исчезновения Марины и усилий Семёна разобраться в произошедшем. Помимо личной истории героев, сюжет затрагивает атмосферу заброшенного посёлка Казаковск и окрестного леса, особенно синей тропы, которая считается опасной и куда не советуют заходить. Семён вынужден решать, как поступить в сложившейся ситуации, преодолевать недоверие окружающих и справляться с растущей тревогой о судьбе жены. Сюжет фокусируется на поисках и попытках понять причины исчезновения, а также на внутренних изменениях главного героя, столкнувшегося с неизвестностью и чуждой обстановкой.