В книге Бастард. Книга третья. Потоп авторы Александр Алексеев, Андрей Шопперт продолжают рассказывать о событиях Смутного времени в России и сопредельных странах, сосредотачиваясь на жизни и действиях Владимира Неупокоева — российского царя-попаданца, а также его окружения и военных столкновениях того периода. Главным героем является Владимир Неупокоев, который оказался в XVII веке, пытаясь изменить ход истории России на фоне масштабных войн, политических интриг и социальных проблем того времени. С начальной ситуации он представляет собой человека, оказавшегося в прошлом с современным военным и административным опытом, находящийся на излечении и одновременно управляющий страной вместе с супругой — царицей Феодосией, которая изменилась характером и стала жесткой в защите власти и семьи.

Развитие сюжета запускают внешние и внутренние военные конфликты, в первую очередь борьба с имперскими войсками и другими противниками, пытающимися захватить территории и разрушить государство. На фоне этого разворачиваются баталии при укреплениях и городах, таких как монастырь Фрозе и город Петропавловск, которому угрожает пятитысячный испанский десант. Владимир вместе с войсками отражает волны наступления врагов, применяет своеобразные тактические решения и современное оружие тех времен, включая использование пороха, картечи и точной стрельбы из новых винтовок с дальномерами. Военные действия сопровождаются постоянным дефицитом ресурсов, например, снарядов для пушек, и необходимо искать нестандартные решения для поддержки обороны. Кроме того, в сюжете показаны дипломатические и политические моменты, в частности в Стамбуле, где заключаются договоры с султаном, наладить союз и противодействовать пиратам и разбойникам, а также борьба с внутренними предателями и интригами, из-за которых армия попадает в трудные ситуации на поле боя....