Главные проблемы и конфликты касаются борьбы с большевиками, организованной преступностью, внутренними разногласиями в рядах Климова и необходимостью ввести строгие меры наказания для поддержания порядка. Сталкиваясь с голодом, болезнями и общим кризисом, Климов также пытается наладить сотрудничество с учёными и специалистами, чтобы развивать медицину, химию, металлургию и авиационную промышленность. Значимым фактором становится взаимодействие с предпринимателями, промышленниками и меценатами, которые переживают национализацию заводов большевиками и заинтересованы в сохранении и развитии производства. Важная часть сюжета посвящена юридическим реформам, направленным на создание адекватной правовой базы и повышение профессионализма правоохранителей.

Полковник Климов вынужден принимать решения, связанные с организацией армии, подбором и обучением кадров, формированием новой системы управления и правосудия. Он проявляет прагматизм в отношении тех, кто покидает движение, предлагая им возможность вернуться при изменении обстоятельств, и одновременно вводит жёсткие меры против преступников и бандитов. В конечном фокусе сюжетного развития — попытка создать устойчивую структуру власти и порядка в условиях гражданской войны, несмотря на угрозы со стороны враждебных сил и внутренние сложности. Климов рассчитывает, что его движение сможет постепенно наладить контроль над территорией и возродить цивилизацию в условиях хаоса.

Таким образом, в книге «Экспедиционный корпус. Гражданская война» формируется картина борьбы за власть и порядок во время революционного кризиса в России, с особым вниманием к действиям Михаила Климова и его команде, их попыткам организовать армию, правоохранительные органы и законодательство для восстановления стабильности.