Далее события разворачиваются вокруг борьбы за спасение лабораторных штаммов дрожжей и плесневых грибков, необходимых для производства белка, спирта и лекарств. Главная проблема состоит в том, что оборудование и ресурсы для развёртывания производства почти недоступны из-за военных действий и логистических сложностей, таких как занятость железных дорог воинскими перевозками. Герой сталкивается с бюрократией, недоверием со стороны коллег и постоянным дефицитом. В то же время ему приходится находить способы сохранить имеющуюся микробиологическую коллекцию, чтобы ускорить запуск производства необходимых для фронта и города продуктов.

Сюжет строится на противостоянии между стремлением спасти город с помощью науки и условиями войны, при которых человеческие жизни и ресурсы находятся под постоянной угрозой. Александр вынужден принимать ответственные решения и быстро действовать, чтобы подготовить лабораторию к производству жизненно важных веществ. Он ведёт переговоры, организует отбор культур и пытается наладить технологические процессы в условиях кризиса. Основной конфликт связан с необходимостью превзойти внешний и внутренний кризис, когда ситуация в городе ухудшается с каждым днём и чем сильнее разрастается блокада, тем реальней становится перспектива погибнуть не от врага, а от голода и болезней.

Кульминация сюжета делает акцент на том, что сопротивление врагу ведётся не только на фронтах, но и в тылу, в лаборатории, где на кону стоит жизнь тысяч людей. Герой становится оплотом надежды, используя свои знания для обеспечения города необходимыми ресурсами. В итоге Микробиолог. Спасти Ленинград. концентрируется на том, как наука и воля отдельных людей могут противостоять масштабным разрушениям войны и сохранить живую крепость там, где казалось, что настала безысходность.