Основные события включают участие героев в операциях по борьбе с врагом, экстремальные ситуации на улицах, захватывающие столкновения с порождениями нежити и необходимостью принимать сложные решения в условиях ограниченной информации и ресурсов. Конфликты разворачиваются не только на уровне физической угрозы, но и во взаимоотношениях между персонажами, а также в рамках бюрократических и оперативных ограничений. Постоянная опасность и высокая смертность среди инквизиторов подчеркивают серьёзность проблемы и необходимость экстренных мер со стороны руководства.

Перед героями ставится задача поиска новых методов эффективного противостояния неживой угрозе и предотвращения масштабных потерь. Сюжет показывает, как инквизиторы вынуждены проходить строгий подготовительный этап, осваивать сложное снаряжение и адаптироваться к постоянно меняющимся условиям службы. В процессе развития событий их действия становятся частью широкой стратегии по сдерживанию радиактивного роста инфестации, что требует не только физической, но и моральной выдержки от каждого бойца. Финальный акцент сюжета сосредоточен на необходимости принятия решений, которые позволят выстоять перед лицом ужасающей опасности и сохранить контроль над ситуацией.

Таким образом, сюжет Новая Инквизиция II Михаила Злобина отражает противостояние специального подразделения с уникальной угрозой, демонстрирует внутренние и внешние конфликты, а также неизбежность жертв ради общественной безопасности.