Спасти шпиона Данил Корецкий начинает с описания холодного и мрачного позднего осеннего вечера в Москве, где несколько главных героев оказываются втянутыми в масштабное расследование, связанное с иностранной разведкой и подозрениями в государственной измене. В центре событий — Юрий, молодой сотрудник спецслужб, который получает задание наблюдать и контролировать группу подозреваемых лиц, среди которых есть высокопоставленные офицеры и представители военной элиты. Юрий сталкивается с отсутствием опыта и поддержки от коллег, которые не имеют навыков по борьбе с иностранными шпионами, и вынужден самостоятельно разрабатывать методы обнаружения и нейтрализации угрозы.

Начальная ситуация складывается из осложнённого взаимодействия с другими сотрудниками, чьи взгляды и подходы расходятся. Юрий предлагает использовать маркированную дезинформацию для выявления изменников, а также инициирует организацию слежки и аудиовизуального контроля за подозреваемыми. В ходе расследования он погружается в изучение экстремистских организаций, что способствует раскрытию сложных связей между подозреваемыми и иностранными разведслужбами. Параллельно развивается линия, связанная с внутренними конфликтами и неформальными отношениями среди сотрудников, что создаёт дополнительное напряжение и усложняет работу....