Главной проблемой становятся аномалии и их монстры, которые представляют угрозу для людей. Неверов и его товарищи вынуждены сражаться с ними, использовать различные способности и интегрированные аллогены, чтобы выживать. Также возникли внутренние вопросы взаимодействия с системой, которая не всегда полностью понятна и контролируема, например, непредсказуемые эффекты неизвестного аллогена в списке. Кроме того, есть необходимость следить за собственным состоянием и взаимодействовать с командованием, проявлять дисциплину и сотрудничать.

Развивая сюжет, Неверов получает опыт, осваивает новые способности и обретает контроль над своей силой. Он участвует в групповых операциях, отмечает влияние различных уничтоженных врагов на количество опыта и возможности. Герои также сталкиваются с организационными моментами внутри лагеря, включая общие правила проживания и дисциплину. Система постепенно раскрывается через взаимодействие с техническими специалистами, которые обеспечивают настройку и отслеживают показатели героев.

Сюжетный фокус в конце обращён на постепенное освоение особенных возможностей и понимание сложной среды, в которой оказались герои. Неверов и его товарищи адаптируются к новым условиям, увеличивают свои шансы успешно противостоять аномалиям и осваивают возможности, даваемые системой. Взаимодействия с другими участниками и обучение служат для них основой дальнейшего развития в мире с опасными и непредсказуемыми аномалиями.