Развитие сюжета запускает попытка Валериана и его группы дезертировать из Цитадели и спасти свои семьи, несмотря на риск казни. Одновременно с этим, другие персонажи участвуют в эвакуации выживших, разведывательных операциях и подготовке к штурму, чтобы освободить пленённую Элару и положить конец правлению Готорна. Проходят операции по уничтожению монстров, захвату стратегических точек, а также взаимодействие с узниками и беженцами, за которыми необходимо ухаживать и оберегать.

Основные проблемы включают угрозу со стороны монстров, которые продолжают наступать и убивают множество людей, жестокость и предательство властей Цитадели, а также внутренние сомнения и страхи главных героев. Конфликт между необходимостью сохранить жизни и необходимостью принимать тяжёлые решения усиливается внутренними и внешними противоречиями. Валериан борется с невозможностью простого выбора: уничтожать невинных ради защиты или рисковать всем ради спасения семьи и друзей.

Героям приходится принимать решения о тактике и стратегии — отключать защитные сенсоры, создавать слепые зоны для прохода ударных групп, эвакуировать беженцев через узкие тоннели, а также готовиться к решающей битве за свободу. Важна борьба за Элару, находящуюся в плену у Готорна, и за выживание оставшихся в городе людей. При этом сохраняется напряжённость из-за неизведанных угроз, которые скрываются в глубоких этажах крепости и подземельях.

Сюжетный акцент в финале сосредоточен на попытках капитана Валериана и других участников Подполья успешно выполнить план спасения близких и освободить город от гнёта тирании и надвигающегося разрушения. Они сталкиваются с болью утрат, опасностью провала и необходимостью быстро и без героизма действовать ради выживания. Финальные сцены показывают состояние, когда на кону жизни и свободы всего сообщества стоит выбор между сопротивлением и поражением.