Тень Биосферы. Часть 2 автора Антона Тутынина разворачивается вокруг существа по имени Тень и её союзника Лютого, существ, отдалённо похожих на людей, но обладающих иными способностями и природным началом. В начале сюжета они находятся в условиях противостояния с остатками человечества, населением анклавов и городов, охваченным войной за выживание. Тень стремится изменить существующий порядок, используя биотехнологии природы и эволюции, в то время как Лютый, бывший офицер, стремится сохранить определённые военные ресурсы и техники для борьбы с врагом. Событием, запускающим развитие сюжета, становится ночное воздействие Тени на людей через специально выведенных насекомых, которые вводят людей в беспомощное состояние. После этого группа выживших начинает покидать свои убежища, сталкиваясь с жестокими условиями нового мира.

Одновременно продолжается эвакуация оставшихся людей из подземного города, где идёт отчаянная борьба с тварями, заполонившими нижние уровни, что приводит к крупным потерям и сожжению одной из этиэтажей для задержки врага. Основные проблемы связаны с непрекращающейся угрозой со стороны мутировавших существ и необходимости противостоять превосходящему в численности и вооружении противнику. Конфликт разворачивается вокруг поиска путей выживания: Лютый настаивает на использовании традиционных военных средств и трофеев, стремясь усилить защиту и оборону, тогда как Тень предлагает отказаться от старого оружия и технологий, ставя во главу угла применение природных сил и технологий биосферы. Героям приходится принимать решения между сохранением традиционных методов борьбы и внедрением новых подходов, основанных на эволюционных изменениях. Конфликт между этими подходами определяет ход событий. Конечный акцент сюжета смещается к пониманию необходимости отказаться от старых методов борьбы и адаптироваться к новым условиям, используя ресурсы биосферы вместо изживших себя военных техник, что отражает главный выбор и поворот в развитии событий.