В центре повествования книги «Последняя ведьма. Колдовские яблоки» Катя Водянова помещает молодую женщину по имени Мег, которая живет и работает в небольшом городке, где магия и обыденность пересекаются на каждом шагу. Главная героиня ведет лавку с сувенирной продукцией, в которой она продает карты, свечи и прочие мистические предметы, одновременно являясь настоящей ведьмой. Мег старается справляться с темными событиями, происходящими вокруг нее, и пытается сохранять баланс между ежедневными заботами и серьезными магическими проблемами. В ее окружении появляется Гаспар, человек, близкий ей по духу и профессии, который помогает разбираться в сложных ситуациях и поддерживает Мег при столкновениях с опасностями.

Началом развития сюжета становится исчезновение Сьюзен, женщины с загадочным прошлым, которая находится в центре внимания нескольких ключевых персонажей. Это происшествие заставляет героев начинать расследование, которое постепенно раскрывает сложные отношения между ведьмами, инквизиторами и другими магическими фигурами в городе. Мег и ее союзники пытаются выяснить, кто стоит за этим инцидентом, и почему Сьюзен внезапно решила покинуть родные места. В процессе расследования появляются новые сведения о прошлых конфликтах и скрытых мотивах, которые приводят к усилению напряжения между различными сторонами....