Мажор 3: Милосердие спецназа Вячеслава Соколова повествует о группе спецназа, в центре внимания которой находится капитан Рогожин и его товарищи. Ситуация складывается на фоне опасной миссии, связанной с выживанием и выполнением сложного боевого задания. Герои оказываются в подземных лабиринтах, где приходится сталкиваться с различными угрозами, включая вооружённых противников и суровые условия. Развитие сюжета начинается с поставленной задачи – пробраться на территорию, где удерживаются заложники, и провести операцию по их спасению. По пути группа сталкивается с необходимостью не только обезвредить охрану, численностью до пятидесяти бойцов, но и уничтожить всю собранную врагами информацию, что требует применения тактических навыков и хитрости. Дополнительно ситуация осложняется тем, что операция проходит тайно и силами исключительно российских спецназовцев, без привлечения местных спецслужб, чтобы избежать утечки данных и политических последствий.

В процессе подготовки и выполнения задания появляются внутренние конфликты и напряжение среди бойцов, а также не исключена потеря людей. Для успешного завершения миссии приходится принимать жёсткие решения, связанные с методами ведения боя и сохранением жизни заложников. Героев сопровождают сложные эмоции и размышления о своем долге, личных отношениях и моральных аспектах происходящего. В конце повествование концентрируется на том, как группа справляется с угрозами, сохраняет единство и выполняет поставленную задачу в экстремальных условиях, причем при этом им приходится оставлять за собой минимальные следы и поддерживать секретность операции. Таким образом, сюжет строится вокруг конфликта между необходимостью выполнять чрезвычайно опасное задание и стремлением сохранить жизни товарищей и заложников, отражая тяжелую службу и риски, связанные с действиями спецназа.