Шиноби 2: Нашествие порождений магии Кирилл Неумытов разворачивается вокруг молодого шиноби по имени Август и его команды, оказавшихся в трудной ситуации после падения в Синем мире. Их миссия вынуждает героев противостоять опасным тварям и демонам, в числе которых — демонесса Сандра, предъявляющая ультиматум, требуя жертвы из их отряда. Август и его товарищи приходят в себя в ледяной пещере после жесткой посадки капсулы, причем один из их союзников, Шен, находится в тяжелом состоянии, борясь с последствиями демонической инфекции. Потеря Мизуки оставляет глубокий след в коллективе, особенно для Августа, который винит себя в произошедшем.

События развиваются на фоне угрозы порождений магии, которые начинают проникать в их мир через многочисленные пространственные трещины. Хотя на момент повествования в Весусе удается предотвратить полноценное нашествие, риск новых нападений остается высоким в ближайшие годы. В городе Коркес усилия нескольких шиноби, включая Энцио, становятся решающими для отражения врага — джакалманов. В то же время внутри мира формируются новые опасности, среди которых выделяется клан Чоган и загадочный Коганэ Кимото, чья жестокость и сила внушают страх даже приближенным. Легион Седых, другой могущественный противник, тоже действует из тени, планируя свои ходы против Холсбери и ее защитников....