Красный генерал Империи Павла Смолина сосредоточен на жизни и работе главного героя, офицера в российской армии в начале XX века. В начале повествования герой переживает внутренние сомнения и ощущение упущенной возможности после проигрыша в Русско-японской войне, что задаёт общий фон его дальнейших действий. Исходное положение главного героя — это период после его отставки, когда он пытается найти своё место и смысл в изменившейся реальности, сталкиваясь с бюрократией и ограничениями власти. Событием, которое запускает развитие сюжета, становится получение и анализ важных писем и докладов от других военных и чиновников, таких как Куропаткин и Селиванов, что ведёт к возвращению героя в активную службу и подготовке к новым действиям на Дальнем Востоке.

Далее повествование следит за подготовкой к назначению на пост генерал-губернатора Амурской области, знакомством с местными властями и наблюдением за обстановкой в регионе, включая предстоящие военные конфликты и напряжённость на границе. Главными проблемами и угрозами выступают напряжённые отношения с Китаем, неизбежное военное столкновение и необходимость управлять сложной политической и военной ситуацией в удалённых областях Российской империи. Герою приходится принимать решения, связанные с коммуникацией с центральным командованием, подготовкой войск и обеспечением безопасности гражданского населения в условиях надвигающихся конфликтов. В финале сюжет объединяет результаты первых официальных распоряжений, получение разрешения от императора и внутреннее осознание героя своей ответственности перед регионом и людьми, которые зависят от его руководства, а также осознание, что только начинается большая и сложная работа по преодолению политических и военных вызовов.