В центре сюжета книги Помещик. Том 4. Сотник Михаила Ланцова находится молодой помещик Андрей, управляющий своим хозяйством в середине XVI века на территории Руси. Состояние его вотчины характеризуется разорением и нестабильностью после нашествия татар в 1552 году, когда Тула ещё не оправилась. Кроме того, в его окружении собираются воины-помещики, в основном представители бедного сословия, что добавляет сложности в вопросы вооружённой обороны и управления. Событием, запускающим развитие сюжета, становится необходимость проведения смотра войска и организационные трудности с набором и снаряжением воинов, а также попытка привести хозяйство и управление в порядок.

Андрей работает над структурой подчинения и функциями управляющих, чтобы устранить узкие места и привести дела к более эффективной организации, при этом учитывая исторические реалии и технические возможности того времени. За этим развитием идут обсуждения военного оснащения и тактики, с попытками воссоздать образцы бронезащиты и использование различных типов конницы, включая катафрактариев и конных лучников, а также проблемы с качеством коней и вооружения. Параллельно развивается тема конфликтов с церковными властями, где протопоп Сильвестр выступает с резкой критикой митрополита и церковной системы, обвиняя её в коррупции и потворстве набегам, что вызывает волнения в Москве и приводит к политическим и религиозным трениям. Андрей сталкивается с необходимостью принимать решения в условиях этих социальных и военных вызовов, а также решать вопросы относительно типографского дела и издания книг, что отражает переход от устной традиции к письменной культуре. В финале сюжет сосредоточен на попытках Андрея адаптироваться к переменам, укрепить своё хозяйство, настроить управленческую модель и подготовить войско для защиты территории, одновременно учитывая внешние угрозы и внутренние конфликты между светской и церковной властью.