Жало-2 Дмитрия Гришанина рассказывает о группе рекрутов, участвующих в учебно-тренировочном курсе на тренировочной базе. Главным героем выступает командир, который ведёт своих товарищей в условиях виртуального тренинга и последующих боевых действий. Исходная ситуация складывается из подготовительного периода, когда рекруты проходят интенсивные тренировки для развития навыков и способностей в управлении функциями личинок граусов и освоении новых умений, таких как левитация. Сюжет начинается с неожиданного сброса из шаттла, после которого персонажи сталкиваются с опасными противниками — рухами, среди которых есть различные враждебные существа, такие как гразухи-попрыгунчики и стерхи. Внешняя угроза перерастает в серьёзные потери среди бойцов, при этом главный герой предпринимает рискованный одиночный рейд в тыл врага, применяя холодное оружие и интуицию для борьбы с противниками.

Главным конфликтом является непрерывное сопротивление агрессивным рухам, угроза гибели от кислотных атак и напряжённая борьба за выживание. Героям приходится принимать решения, связанные с рациональным использованием ограниченных ресурсов, тактическим выбором позиций и распределением сил для выполнения заданий под давлением постоянных атак врага. В конечном счёте, несмотря на смертельные последствия и потери среди друзей, рекруты добиваются выполнения задания командования, открывая новые функции и умения. Сюжет завершается тем, что герои начинают прокачку новых навыков, что символизирует начало дальнейшего развития их возможностей и подготовку к будущим испытаниям.